Het altaarstuk van Maarten van Heemskerck werd na de Reformatie verkocht aan de kathedraal van het Zweedse Linköping (sinds 1996 herbergt de kerk een kopie). De protestanten voorzagen de kerk van de preekstoel (1655), een doophek (1605) en herenbanken (1651-1655). Het koorhek en gotische koorbanken werden behouden, evenals de graftombe van Floris V van Holland. Het doophek rond de dooptuin van 1605 is uitgevoerd in renaissancestijl. Op dit hek bevinden zich leeuwtjes met een wapenschild en zich in de borst pikkende pelikanen, die op deze wijze hun jongen met hun bloed voeden. Zij symboliseren de zichzelf opofferende Christus. De preekstoel uit 1665 laat op het middenpaneel druiven in een festoen zien, hetgeen verwijst naar de uitspraak van Christus "Ik ben de ware wijnstok".