In de Thomastsjerke bevindt zich een preekstoel uit de zeventiende eeuw. Deze preekstoel is, zoals in meer kerken in Friesland het geval is, gesneden met gecanneleerde Ionische zuilen op de hoeken en met een boogvormige omlijsting rond de panelen. In de jaren 1977 en 1978 is de kerk gerestaureerd door de stichting Alde Fryske Tsjerken. Voor de restauratie stond de preekstoel tegen de oostzijde van de koormuur. Tijdens de restauratie werd de preekstoel verplaatst naar zijn oorspronkelijke plaats aan de zuidzijde. Hierdoor kreeg de preekstoel een minder overheersende plaats in het kerkgebouwen kwam het koor vrij, waardoor het gebouw zich gemakkelijker laat gebruiken voor andere activiteiten, zoals de viering van het avondmaal, het houden van concerten en andere uitvoeringen. De preekstoel is van omstreeks 1650 en gemaakt van eikenhout.