Deze kerk werd van 1475 tot 1550 in gotische stijl gebouwd door Franciscaanse monniken. De muren zijn bekleed met Nederlandse tegels, omdat destijds nog geen tegels werden gebakken in Portugal. De schilderijen in de kerk zijn door Vlaamse schilders gemaakt. Bij de bouw werden alle botten en schedels uit de 42 omringende klooster-begraafplaatsen samen gebracht in een kapel van deze kerk, de welbekende Capela dos Ossos, om zo plaats te maken binnen de stadsmuren voor nieuwbouw. De preekstoel aan de rechterzijde werd later samen met de kapellen in barok stijl aangebracht.